орневая шейка это место перехода надземной части растения в корневую систему. Она характеризуется значительными изменениями во внутреннем строении, способствующими оптимизации основной деятельности корневой системы - поглощении и передаче (транспортная функция) по сравнению с деятельностью надземной системой - передачей (транспортная функция). Корневую шейку можно определить по измененной окраске коры, наличию некоторого утолщения (хотя не всегда выражено), отхождение первых корешков.

Располагаться она должна на уровне почвы. Это все справедливо и очень важно для семенных подвоев, имеющих т.н. настоящую корневую шейку.

У клоновых подвоев - настоящей шейки нет. А есть условная. Там не происходит изменения во внутреннем строении побега и она легко может быть заглублена при посадке.